10X_Genomics-尊龙凯时-10X 单细胞转录组RNA多组学测序

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10X 单细胞转录组

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scRNA-Seq解析单个细胞内基因表达图谱

产品简介

单细胞测序是在单个细胞水平上对细胞基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术，单细胞转录组测序技术于2009年问世至今，也发展出各种不同的方法；随着二代和三代基因测序技术的迅速发展，测序通量逐渐提高，测序成本逐渐降低，这为单细胞测序技术的发展提供了一片沃土，使其成为生命科学里一个非常活跃的研究领域，也更多地被应用到基础医学和临床转化的研究中。
10x Genomics单细胞平台，通过微流控系统将单细胞快速分配到油包水的微反应体系中，每个微反应体系中的原始分子会获得唯一的特异性分子标签（Barcode），制备生成的测序文库可以在Illumina平台进行测序，10x Genomics提供数据分析Cell Ranger及可视化软件Loupe Browser，测序实验及分析流程可以和Illumina系统无缝衔接。 10xGenomics单细胞平台捕获工作流程图

应用方向

✓ 肿瘤异质性研究
✓ 干细胞分化以及组织器官发育研究
✓ 神经系统发育研究
✓ 免疫方向研究
✓ 疾病分型及用药指导
✓ ......

尊龙凯时优势

1.一站式服务：
除了10x Chromium之外还有BD Rhapsody、MobiNova、华大C-Taim4、M20 Genomics等多个平台，提供一站式多组学单细胞解决方案
2. 项目经验丰富：
临床样本、哺乳动物、家禽、水生动物、经济作物等众多物种的样本处理经验，累计处理样本数超30000例
3.项目文章行业领先：
支持单细胞领域全世界科学家发表高分文章290+篇，影响因子共4400+
4.质量领先：
40+资深实验专家。13项自主开发专利，高端流式辅助免疫细胞分选，样本处理水平行业领先
5.服务便捷极速：
六大实验室（北京、天津、上海、广州、成都、杭州），极速14天周期交付
6.独家细胞定义数据库与分析流程：
自主开发细胞定义数据库与算法，提供全面的分析模块与多组学联合分析，搭配云平台，全方位满足科研工作者需求

信息分析

单细胞转录组的分析核心是细胞的分群和亚群差异基因的鉴定，尊龙凯时单细胞使用10x官方分析软件Cell Ranger和第三方软件Seurat对细胞进行分群和差异分析，对差异基因进行功能富集，从而鉴定亚群的功能特征。

常见问题

1.为什么选择单细胞测序技术？
- 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞，单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向，广泛应用于发育、神经、肿瘤、免疫微环境等热点研究领域。
2.10xGenomics 3'端单细胞转录组技术适用的物种范围有哪些？
- 10x平台beads末端带有poly dT结构，与mRNA分子3'端的polyA结合，从而实现每一条mRNA分子的捕获，因此该平台适用于所有含polyA尾mRNA的物种(注意有些真核生物的线粒体、叶绿体基因非polyA结尾所以有可能检测不到)。考虑到后期数据分析，同时需要研究物种具备高质量的基因组组装和注释信息。
3.10x Genomics 单细胞3'端转录组适用于哪些组织类型？
- 10x平台适用于绝大多数的组织类型，前提是制备出符合上机要求的单细胞悬液，保证细胞质量。但依据我们的项目经验，中性粒细胞或肝实质细胞等细胞类型本身比较脆弱，如果样本中这些脆弱细胞占比比较高，可能出现捕获细胞数偏差大、基因检出少。
4.单细胞3'端转录组的样本保存的方式有哪些？
- 当新鲜组织从机体取下来后推荐直接进行后续单细胞悬液制备，但有时由于各种限制因素无法立即对新鲜组织进行制备，可以将组织保存起来，方法大致分为3类：
  1）用组织保存液进行新鲜组织保存，但一般不建议保存时间超过48h，该种方式适用于短时间保存或者短距离寄送样本处理。
  2）组织离体后直接进行液氮冻存，该种方式可长期保存样本，适用于后续组织直接抽核处理成单细胞核悬液，而不建议解冻组织制备单细胞悬液。
  3）将新鲜组织制备成单细胞悬液，然后用细胞冻存液冻存细胞，后续可将冻存细胞进行复苏处理再上机捕获，但是需注意保证冻存前单细胞悬液活性。该种处理方式有可能造成脆弱细胞在冻存复苏的过程中受到损伤。
5.新鲜组织制备成单细胞悬液方法有哪些？
- 这里总结了从新鲜组织到制备成单细胞悬液的主要流程，如下：
  根据组织类型、状态的不同，在单细胞悬液制备方法上也有所差异，包括选取合适的缓冲液或者培养基清洗组织、不同消化酶的选择、消化时间等，有些也会根据单细胞悬液的状态进行去死、去碎片处理，建议根据组织类型参考文献及10x官网上资料进行条件摸索，以便找到适合的方式，尊龙凯时也提供了《样本制备手册》供参考，可点击上方“送样建议”查看
6.单细胞核转录组适用的组织类型有哪些？
- 1）适用于冻存组织直接抽核，例如有些临床样本需要等待病理结果而不能及时处理，因此为了保证样本的RNA稳定性，需要进行冻存保存。
  2）适用于直径较大、形状不规则细胞类型，例如心肌细胞等细胞类型。
  3）适用于对解离酶敏感细胞类型，例如神经元、肝实质细胞等细胞类型。
  4）适用于难解离样本，例如成熟脂肪细胞难解离，且漂浮在液体上方，无法完成捕获操作形成GEMs；