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转录调控测序

宏转录组—捕捉微生态微环境活性微生物动态变化

  • 宏转录组测序:

    (Metatranscriptome Sequencing/ Metatranscriptomics)从整体水平研究特定环境中所有群体基因组转录情况和调控规律,以微生态微环境中全部RNA为研究对象, 结合高通量测序从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘发挥功能的活性基因。
  • 全面高效:

    高通量全面捕捉微生态环境中所有生物转录本,剖析微生物多样性组成及动态变化,鉴定优势物种与活性微生物,筛选活性功能基因。
  • 分析多样:

    针对不同研究需要研发两套分析流程。一套针对微生物多样性与功能基因表达情况的分析;一套针对于微环境中病毒鉴定与功能的研究。

应用方向

  • 医药领域

    病毒鉴定、人体微生物与疾病/癌症关系的研究、分子标志物和药物靶点的鉴定与筛选等
  • 生态领域

    研究胁迫环境下微生物的机体响应机制
  • 工业领域

    微生物活性物质开发、生物能源、环境污染监控与生物修复等

尊龙凯时优势

  • 1. 样本起始量低

    RNA 1μg/建库
  • 2. 周期快、分析全,稳定性高

    尊龙凯时宏转录组采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • ≤30

      样本量
    • 60天

      项目周期
    • PE150

      测序读长
    • ≥85%

      测序质量Q30
  • 3.质控严格,分析流程多样

    尊龙凯时宏转录组建库要求去除核糖体的方式提高有效数据占比,并采用主流软件Trinity进行后续分析,针对不同需求配置高级分析... 从材料选取,建库测序,到数据分析, 每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    RNA样品
    ≥ 1 μg

    文库构建
    普通文库

    PE150测序
    5~10Gb

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    尊龙凯时已经成功完成对土壤/水体富集的菌体、淤泥、沉积物等多种微环境样本,肠道内容物、拭子、粪便、体液、发酵物、食品等多种类型样本的宏转录组测序分析。涉及物种包括人、 大小鼠、绵羊、牛、鸡、鱼、蜱虫、蜜蜂、珊瑚虫、蜘蛛、西洋参、油茶、矮紫衫、地衣、海绵等近百个物种,助力客户在Microbiome等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计, 严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 1000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

尊龙凯时宏转录组测序项目,不仅进行基因表达情况分析,还进行物种注释及分类分析,多样品间的比较分析等。此外,尊龙凯时提供个性化分析的服务,可以根据客户需求定制分析内容。
WGBS 分析内容 解决问题
标准分析 数据过滤与质控 过滤掉低质量数据,保证数据质量
Tinity拼接 测序数据拼接成长的转录本
Nr数据库比对 注释活性物种、挖掘优势物种或差异物种、分类鉴定
功能注释(GO、KEGG、eggNOG、CAZy) 物种与功能注释
基因表达水平分析 进行定量与差异分析
GO富集、KEGG富集 核心基因GO,KEGG功能富集分析

关联分析

通过宏转录组与宏基因组、16s进行比较,可以帮助我们了解DNA与RNA层面的共有与差异物种,挖掘活性微生物;与代谢组进行关联分析,挖掘活性物种或核心基因与代谢物之间的关系, 寻找相关代谢通路。目前,由于微生物的多样性与复杂性,依据课题建议选取关注的物种或基因群进行后续相关的分析,尊龙凯时可以提供相应的个性化分析服务。

送样建议

样本类型 送样量
total RNA 浓度:≥ 50ng/μL
体积:20μL ≤ V ≤ 120μL
总量:≥ 1μg
菌体/菌丝 ≥ 1*107
≥ 0.5
新鲜植物组织干重 ≥ 0.8
新鲜动物组织干重 ≥ 0.5
粪便 ≥ 1g,建议3g
肠道内容物 0.5-1g
活性污泥/淤泥/沉积物类 10-15mL(约4-5g沉降物)
土壤 ≥ 2g(建议富集菌体沉淀)

常见问题

  • 1.宏转录组一般推荐多少数量?

    • 粪便或肠道内容物,推荐5G数据量;
      环境类样本比如土壤、水体,推荐10G数据量;
      组织类等宿主占比较高的样本,推荐至少10G数据量。
      建议根据研究目的来选择数据量。
  • 2.宏转录组生信分析内容中包括物种注释及差异基因分析吗?

    • 包括。在我们的标准分析流程中,包括物种注释及差异基因的分析内容,以及物种与基因两个维度的功能注释。同时,根据不同的分析需求,尊龙凯时还推出针对于病毒的宏病毒组 分析内容,包括已知病毒的鉴定和分析。另外,针对不同研究方向,尊龙凯时也提供个性化分析的服务。
      尊龙凯时拥有专业的设计方案、严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务,确保每一个环节都能出色完成,助力您的科学研究。

拓展材料

  • 收藏好文

    宏转录组揭示微环境群落优势物种及表达图谱
  • 线上课程

    源聚于新-宏转录组在微环境中的分析应用与数据挖掘

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