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宏转录组测序
1. 送样建议
1.1 组织类样本
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
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新鲜动物组织 | ≥500mg | 将组织放入旋盖冻存管中密封好,迅速置于液氮中速冻,-80℃保存,干冰运输 | 取相应部位组织,尽量将组织切成1cm2左右的小组织块 |
新鲜植物组织 | ≥800mg |
1.2 粪便类样本
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
---|---|---|---|
粪便 | ≥1g,建议3g | 将挖取的粪便放入采样管中,密封好,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输 | 受试者尽量避免有疾病(肠道炎症、癌症等)史,避免有手术等医疗干预 |
粪便样本处理方法: (1)用采样管中无菌勺挖去粪便中段(基本不接触空气等其他媒介)的部分(3-5g),小鼠粪便至少在3-5粒; |
1.3 其他样本
样本类型 | 送样量 |
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total RNA | 浓度:≥ 50ng/μL 体积:20μL ≤ V ≤ 120μL 总量:≥ 1μg |
菌体/菌丝 | ≥ 1*107 个 ≥ 0.5 |
肠道内容物 | 0.5-1g |
活性污泥/淤泥/沉积物类 | 10-15mL(约4-5g沉降物) |
土壤 | ≥ 2g(建议富集菌体沉淀) |
肠道内容物类处理方法: (1)实验对象死亡后,无菌解剖刀于无菌环境中取出整个肠道,选择切取所需肠段(如回肠、结肠、盲肠等); (2)无菌手术刀挖取内容物置于无菌离心管中,液氮速冻至少4h以上,后与-80℃保存,干冰运输。 注意:一般单个样本500-1000mg/管内容物。为保证实验顺利进行,尽可能多采集保存样品。 |
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活性污泥/淤泥/沉积物类(需自行提取): 1)从活性污泥装置中取至少10-15ml的活性污泥样本(约4-5g沉降物);或者取距离水底/地表0-10cm的沉积物约5-10g; 2)保存在无菌离心管中,液氮速冻并放置于-80℃保存。 3)RNA提取。液氮速冻,干冰送样。 |
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土壤(需自行提取): (1)土壤样本低温环境(2-8℃)运送至实验室,先2mm筛网过筛,取5-10g保存于无菌离心管中,用RNAlater浸泡,保证全部浸泡在RNAlater中,4℃过夜孵育,随后高速离心去除RNAlater,-80℃保存; (2)土壤样本细菌含量比较低,或含有大块砂石,可先加入无核酸酶的生理盐水或1×PBS,匀浆,自然沉降或低速离心(≤100g,1-2min),吸取上层浑浊液体,放入新的1.5ml或2ml离心管,高速离心(≥8000g10min)弃上清,取沉淀后,再用RNAlater处理。 (3)沙质土壤,建议2-8℃(冰袋)寄送,并标明处理前4℃冰箱存放,由实验室进行处理。 (4)提取RNA,液氮速冻,-80℃保存,干冰送样。 注意:样本准备过程中所用的离心管必须是无菌无RNA酶的离心管;送样用到RNAlater,务必注明是RNAlater保存的,尽量不要冻结,4℃过夜后,需高速离心去除RNAlater才可冷冻;RNAlater使用量:500mg土壤加1-1.5mlRNAlater,充分混匀。 |
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病毒液送样建议: 宏病毒组可接的样本类型主要为病毒样本;有传染性或者是未知传染性、对人体有害的病毒不接(参考病原微生物实录);另外病毒液需要送提取好的RNA。样本均液氮速冻,-80℃保存。 |
2. 注意事项
(1)宿主类、环境类样本建议至少10G数据量;粪便类5G数据量;3 样本打包及寄送建议
3.1 样本的打包
(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。3.2 样本的名称标识
(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:尊龙凯时 京ICP备15007085号-1