RRBS-尊龙凯时-简化甲基化测序

尊龙凯时

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RRBS

RRBS—经济且准确的DNA甲基化

简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域，并进行 Bisulfite 测序，同时实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
准确：
单碱基分辨率，准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态。
经济：
性价比高，在较少的测序数据量下，针对启动子及 CpG 岛区域的DNA甲基化进行分析。

应用方向

队列研究疾病与风险因素、遗传特征、生物标记物等研究。
癌症疾病肿瘤、精神疾病、代谢病、免疫病等研究。
动物发育肌肉发育、育种与繁殖等研究。

尊龙凯时优势

1. 生信分析内容丰富尊龙凯时RRBS基于文章中高频出现的分析内容，搭建DNA甲基化与转录组关联分析。
2. 周期快、质量好，稳定性高尊龙凯时采用先进的高通量测序平台，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
- PE150
  测序读长
- ≥80%
  测序质量Q30
- 20,280^个
  物理核数
- 1,727^{T flops}
  项目经验
- 400^TB
  总内存
- 58.6^PB
  总储存
3. 方案设计专业，质控严格尊龙凯时RRBS建库加入阴性对照λDNA，要求重亚硫酸盐转化效率99%以上，并采用主流软件bismark 进行分析... 从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。

材料选取

DNA样品

文库构建
甲基化文库

PE150测序

信息分析
4. 项目文章以及物种经验丰富尊龙凯时已经成功完成对猪，牛，羊，人，大鼠，小鼠等物种进行简化甲基化测序分析，助力客户在Journal of Agricultural and Food Chemistry等权威杂志发表多篇高水平文章。

信息分析

尊龙凯时RRBS实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位，快速准确找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。

分析内容	解决问题
测序数据质量评估	过滤低质量数据，保证数据质量
与参考基因组比对	比对率和覆盖度分析
甲基化位点calling	分析甲基化位点
甲基化分布	甲基化在基因组，染色体，功能与元件上的分布
差异甲基化分析	寻找 DMR
相关基因分析	相关基因GO，KEGG 富集分析
多样本分析	PCA 分析多样本甲基化变化规律

关联分析

通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析，可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性，样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此RRBS和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究，生物性状等多种领域。基于多组学文章中的应用场景和经验，尊龙凯时搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程，以助力科研者们发表高分文章。

DNA甲基化与RNA-seq关联分析	1. 整体上的关联，主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布，基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系
	2. DMR相关基因表达与甲基化修饰，以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体，以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系
	3. DMR相关基因与差异基因联合分析，将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集，以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息
	4. DMR相关基因与差异基因功能分析，主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析

送样建议

样本类型	送样建议
新鲜动物组织	＞500 mg
新鲜培养细胞数量	5×108个
全血	＞2 mL

常见问题

1.为什么RRBS数据分析中样本的CG含量较低?
2.为什么 RRBS 主要应用于人、鼠、猪等高等哺乳动物？

拓展材料

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