10X 单细胞 VDJ-尊龙凯时-单细胞免疫组库VDJ

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10X 单细胞 VDJ

产品简介

10x Genomics 单细胞5'转录组测序平台利用微流控和 barcode 标记等技术，一次实验可以同时检测近万个细胞，从而获得大量的免疫组库信息。可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息，并通过 T 细胞和 B 细胞抗原受体的高度多样性以及细胞基因表达，揭示免疫反应的真正复杂性，可以加速对适应性免疫反应的新认识。

应用方向

✓ 肿瘤免疫微环境研究，寻找治疗靶点；
✓ 自身免疫性疾病以及炎症性疾病发生极致研究；
✓ 药物筛选、疫苗研究
✓ ......

尊龙凯时优势

1.一站式服务：
从组织解离到报告交付，一站式服务
2.项目经验丰富：
免疫组样本数累计1w+
3.质量领先：
40+资深实验专家。13项自主开发专利，高端流式辅助免疫细胞分选，样本处理水平行业领先
4.服务便捷极速：
六大单细胞实验室（北京、天津、上海、广州、成都、杭州）
5.独家细胞定义数据库与分析流程：
自主开发细胞定义数据库与算法，提供全面的分析模块与多组学联合分析，搭配云平台，全方位满足科研工作者需求

信息分析

10x Genomics Chromium?单细胞V(D)J产品特异性富集T细胞TCR区域和B细胞BCR区域的RNA，通过比对、拼接、筛选、注释等对免疫组库进行构建并对得到的TCR/BCR进行clonotype分型，进而进行免疫分析单细胞水平免疫组库分析。

常见问题

1.目前10x单细胞VDJ支持的物种类型？
- 默认仅支持人和小鼠的TCR或者BCR，其他物种需要客户自行提供对应引物序列和扩增反应条件，并且需要客户自行分析数据，同时不能保证数据结果。
2.10xVDJ样品应用类型？
- 10x VDJ仅适用于样品中包含成熟的T细胞，B细胞的样品，对于某些培养细胞系，由未分化干性细胞组成，不含成熟T/B细胞，无法对特定序列进行扩增。
3.为什么10x VDJ通常用5’捕获？
- 10x单细胞转录组建库有5’端和3’端建库两种方式。在3’端的建库中，Gel beads的末端序列是poly（dT），用于和转录组3’端的polyA结构互补配对。而在5’端的建库中，Gel beads的末端序列是TSO序列，其末端有polyG的结构。转录本会在酶的作用下在其5‘端加上polyC的结构，由此完成配对。因为VDJ区域位于5’端，所以获取VDJ信息需采用5’端捕获方法，目的是为了在保证序列长度较短的情况之下富集到位于5’端的多变VDJ区域。
4.单细胞3’转录组和5’转录组应用上的区别是什么？
- 1）客户是否有着重关注的转录本区域，比如SNP的位置靠近5’端；
  2）客户是否是免疫方向，是否关注TCR/BCR多样性；
  若满足上述任一点，建议5端转录组，其余建议3’转录组即可。
5.做10x单细胞VDJ产品需要进行分选T/B细胞吗？
- 1）如果只关注T/B细胞，对其他细胞类型不感兴趣，建议分选；如果关注其他细胞类型，例如想研究T/B和其他细胞类型间互作，不建议分选；
  2）但是需要提醒客户如果悬液中T/B占比很低（<20%），可能由于TCR或BCR风度太低，出现数据指标报错的情况。
6.10x单细胞VDJ兼容细胞核吗？
- 不能。主要原因是细胞核分离会使得部分转录本损失。即使在细胞中，VDJ转录本的表达量也往往较低。只分离细胞核意味着细胞质中含有的RNA会丢失，这导致可用于捕获和分析的转录本减少。
7.有些项目中组织样本会出现scRNA-seq数据表现正常，但scV(D)J-seq数据clonetype很少，为什么？
- 1）与scRNA-seq中的T或者B细胞比例有关，可能是组织中T/B细胞比例本身就低，在实验未经过富集就直接上机导致的；样本中T/B细胞比例小于10%风险偏高，一般建议大于20%。
  2）可能是T/B细胞处于naive状态，还没有表达TCR/BCR基因，需确认客户取样来源。