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单细胞测序

1.免疫组库序列组成分析

根据每个样本的分析结果,对免疫组库序列的组成信息进行统计描述,包括V(D)J基因的使用频率、组合频率、CDR3序列长度分布。
克隆亚型丰度示例图(横坐标为clonotype,纵坐标可根据需求选择细胞支持数进行展示) V/J基因usage丰度示例图(横坐标可根据需求选择V、J、V/J paired,纵坐标为基因丰度占比)[1] V-J基因对热图(横坐标为V基因,纵坐标为J基因;V-J基因组合频率:主要展示了TCR序列中V-J基因组合情况)

2.CDR3的长度分布图

兼容传统免疫组库信息,从CDR3长度的角度对免疫组库多样性和V-J基因使用率做统计分析[2]

3.Clonotypes 展示

比较不同样本间免疫组库克隆扩增情况

4.细胞间Clonotype分析

通过不同cluster/cell type间比较,统计clonotype是否存在overlap,来判断这两个cluster/cell type间是否会存在状态的演变。

5. 转录组结合免疫组tSNE分群展示

根据转录组信息,对细胞总体和免疫组库聚类分群注释。

参考文献


[1] Neal J, Li X, Zhu J, et al. Organoid Modeling of the Tumor Immune Microenvironment[J]. Cell, 2018, 175(7):1972-1988.e16.
[2] Guo X , Zhang Y , Zheng L , et al. Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing[J]. Nature medicine, 2018, 24(7).

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