尊龙凯时
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Ribo-seq—核糖体印记测序
核糖体印记测序(Ribosome profiling sequencing)是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序，来准确获取样本中所有可翻译分子（mRNA和其他潜在的可翻译RNA如lncRNA, circRNA等）的信息。Ribo-seq可以研究细胞内基因翻译的区域、水平、速率等，与转录组、蛋白质组以及ncRNA测序等进行关联分析，可以揭示转录后调控网络以及识别新的蛋白质编码基因。-
1.Ribo-seq技术原理
该技术利用蛋白酶抑制剂瞬时捕获住处于翻译过程的多聚核糖体与RNA链复合物，再通过RNA酶消化细胞中的RNA，得到被核糖体保护的正在翻译的RNA片段（Ribosome Protected Fragment，RPFs），然后对这些被核糖体保护的30nt左右的RNA片段进行富集、深度测序、定量分析。 -
2.Ribo-seq技术优势
瞬时性与定量性：Ribo-seq能够瞬时地捕获翻译过程中的状态，并定量地分析翻译水平。
全局性与系统性：Ribo-seq能够同时检测细胞内数千种基因的翻译活动，为构建全局性的翻译图谱提供了可能。此外结合RNA-seq等数据，还可以系统地研究基因表达与翻译调控之间的关系。
应用方向与场景
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应用方向：
Ribo-seq最初在酿酒酵母中应用，目前已广泛应用在动物、植物和微生物的研究中。 医学领域：干细胞分化以及组织器官发育机制研究、肿瘤发生发展研究、疾病发生以及耐药性研究、免疫方向研究 农学领域：植物抗逆性研究、植物生长发育研究、遗传育种研究、差异性状研究 -
应用场景：
1. 基因表达水平的研究：基因在翻译水平上的表达情况（翻译全局景观）、基因的翻译效率（与转录组联合分析）
2. 翻译调控机制的研究：基因内部翻译调控机制（翻译扫描，翻译停滞，翻译重启）、影响翻译效率的调控机制（翻译起始因子，miRNA降解，uORF ）
3.发现新小肽：lncRNA新可翻译分子、circRNA新可翻译分子、pri-small RNA的可翻译性
尊龙凯时优势
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1. 周期快、质量好，稳定性高
尊龙凯时Ribo-seq采用先进的Illumina平台测序，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。交付周期<65天。<30
样本量65天周期
50天极致周期Illumina
测序平台
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2. 方案设计专业，质控严格
针对动物细胞、动/植物组织、RPFs中间产物，设计不同的项目方案，调整实验protocol，每一步都科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。材料选取
RPFs
文库构建
Ribo文库
SE50测序
信息分析
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3. 项目文章以及物种经验丰富
尊龙凯时项目经验涉及人、大小鼠、鸡、山羊、猪、海产动物等细胞和组织样本；拟南芥、杨树、烟草、番茄、菊花、玉米、大豆、水稻、棉花等植物组织样本；疟原虫、昆虫样本；以及RPFs建库中间产物样本；助力客户在Nucleic Acids Research、Science Advance等权威杂志发表多篇高水平文章。80人
分析团队5年
项目经验500+
结题项目1对1
项目服务
信息分析
尊龙凯时Ribo-seq信息分析包括标准分析流程和个性化分析流程。 标准分析流程：该部分包括Ribo-seq单组学分析以及与mRNA-seq数据进行关联分析（如无mRNA-seq数据，则不呈现翻译效率等分析内容）。个性化分析流程：该部分为Ribo-seq与ncRNA-seq、蛋白质组关联分析。
Ribo-seq单组学分析包括基因翻译水平定量分析、翻译水平差异分析以及翻译相关位点分析，此部分展示如下：
| Ribo-seq测序分析 | 定量水平分析 |
| 样本相关性分析 | |
| 差异分析 | |
| 差异基因功能富集分析 | |
| 翻译位点分析： P-site分析 ORF分析 uORF分析 |
关联分析
尊龙凯时搭建了内容丰富的Ribo-seq多组学关联分析流程，以助力科研者们展开深入研究。主要内容为mRNA-seq关联分析、ncRNA-seq关联分析、蛋白质组关联分析。| Ribo-seq与mRNA关联分析 | 翻译效率分析（TE） |
| 差异TE基因统计、富集分析 | |
| mRNA与RPF相关性分析 | |
| mRNA与RPF的表达水平差异比较关联分析 | |
| Ribo-seq与ncRNA关联分析 | sORF的鉴定 |
| sORF核糖体释放得分 | |
| 表达量/翻译水平分析： 具有sORF的ncRNA的转录组定量和差异水平展示 具有sORF的ncRNA的翻译组定量和差异水平展示 具有sORF的ncRNA的翻译效率和差异水平展示 | |
| Ribo-seq与蛋白质组关联分析 | 翻译组与蛋白质组相关性分析 |
| 翻译组与蛋白质组表达水平差异比较关联分析 |
送样建议
| 样本类型 | 送样建议 | 预处理 |
|---|---|---|
| 新鲜动物组织 | ≥300mg | RNase free 水漂洗以去除污物， 剔除结缔组织、毛发等非研究组织 |
| 新鲜植物组织 | ≥300mg | RNase free 水冲洗表面，吸水纸吸干样品表面 |
| 新鲜培养细胞数量 | 5×10 6个 | 细胞活性 90%以上,使用放线菌酮固定后，收集细胞 |
| RPF | ≥200ng/μl，5μl 以上 | 过柱法、蔗糖梯度离心收集或其他方式处理 |
常见问题
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1.同时想做Ribo-seq和mRNA-seq，应该怎么送样？
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如果同时进行转录组与Ribo-seq分析，需准备两份样品：
（1）ribo-seq：样本不管是细胞还是组织（保持细胞组分完整性），不能加trizol，不需要提取total RNA！
（2）ribo-seq：细胞样本送样前，需要用放线菌酮进行处理，保持特定状态（研究瞬时性）。
（3）mRNA-seq：请根据转录组送样要求另外准备样本（不需要防线菌酮处理，不能用裂解液处理，裂解液处理的细胞/组织样本不能再进行total RNA的提取）。
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如果同时进行转录组与Ribo-seq分析，需准备两份样品：
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2.在片段分布的分析中，21-24nt有峰值，代表什么？
- 用于Ribo-seq测序的目标RNA片段约为30nt左右，不同物种及样本处理会导致目标片段稍有变化，一般为26-32nt。在多数文献中，为26-32nt的mRNA片段富集， 但是已有文献研究表明，在tRNA缺乏的情况下，有可能导致核糖体复合物A位点的空置，该状态富集的mRNA片段约为21-24nt。我们在进行后续翻译状态研究时，可根据实验目的对25-33nt或者20-40nt的数据进行分析 [1]。
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3.P-site(三碱基周期性)数据的特性有哪些？
- 由于核糖体在转录本滑动翻译蛋白的过程中，会每隔 3个碱基（1个密码子）产生一个停顿，完成一个氨基酸的肽段延伸。我们将比对到 CDS 区的RPF进行分布位置统计， 一般而言起始密码子上游或终止密码子下游不会被翻译或翻译丰度极低，因此对应的RPF信号整体弱于编码区。其次基于Ribo-seq的建库原理，大部分的核糖体在mRNA上 的足迹是3的整数倍，大部分RPF 信号在CDS区是呈现三碱基周期性。最后，理论上RPF 5’端比对位置开始于起始密码子上游 12~13nt，停止于终止密码子上游 15nt左右 的位置，而mRNA-seq 的数据是随机分布的。
拓展材料
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