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Ribo-seq：揭示 ncRNA 的 sORF 及翻译产物功能研究
期刊：Nature; IF 64.8
样本类型：哺乳动物细胞样本
分组：对照组 vs 脂多糖处理；对照组 vs 细菌感染组
主要结果：
1.核糖体结合片段中约90%为蛋白编码基因，约10%为非编码转录本;
2.结合转录组测序计算翻译效率（TE），得到lncRNA翻译的直接证据；
3.细菌感染过程中高表达的lncRNA中约35%具有核糖体印记；
4.在对照组vs脂多糖处理组中：通过RibORF、RiboCode、ORFfinder分别预测具有核糖体印记的lncRNA的小ORF（长度小于300nt的
sORF)，总结起始密码子分布规律：ATG 45%，CTG 20%，GTG 19%，TTG 16%。
5.通过RibORF和RiboCode对非经典ORF进行分析，鉴定了96个与已知蛋白质编码基因组的RRS和TE值相同的lncRNA；
6.脂多糖处理显著提高aw112010的表达，且预测其含有sORF，质谱及蛋白产物检测发现该sORF可得到稳定的蛋白产物，且在细菌感染过程中会显著积累。基因敲除实验进一步验证了该蛋白的功能。
小节：越来越多的研究证明，非编码RNA基因不仅可与核糖体结合，还可翻译产生活性蛋白。如miRNA前体，circRNA滚动翻译，lncRNA的 sORF翻译等。本文报道的lncRNA中sORF可翻译产生蛋白质，并在宿主防御和炎症疾病中起关键功能作用。进一步的工作正在进行中， 以揭示其他已确定的sORF的作用。作者建议，需要重新评估人类蛋白质编码基因组，以识别可能对人类健康和疾病有重大影响的神秘 ORF蛋白产物。
Ribo-seq揭示哺乳动物热激响应机制
期刊：Nature;IF 64.8
样本类型：哺乳动物细胞
样本分组：对照组 vs 热激处理
主要结果：
1. 热激选择性提高上调mRNA的5’UTR甲基化水平原理在于抑制了去甲基化酶FTO的作用;
2. 热激不仅导致转录本5‘UTR甲基化水平和转录水平提高，通常也会增加翻译水平（核糖体印记），尤其是热休克蛋白；
3.选择热休克蛋白Hsp70进一步研究：敲除YTHDF2以后，Hsp70 mRNA的5’UTR甲基化下降，mRNA水平不变，但Hsp70蛋白合成量下降，原因在于甲基化水平降低抑制了不依赖帽结构的翻译水平。
结论： 选择性翻译与甲基化的关系：用虫荧光素做标记，将m6A转染。如果基因有5’UTR荧光信号就会增强。并以ApppG代替m7Gm帽子。发现只有5’UTR存在的时候才会有甲基化选择性翻译的现象，表明这是一种促进了不依赖帽结构的翻译过程。通过Ribo-seq的motif分析，发现热休克蛋白的5’UTR中103A甲基化对翻译起始起关键作用。
Ribo-seq：Ribo-seq：揭示食管鳞状细胞癌的发生机制
期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy; IF 39.3
样本类型：人食管组织
分组：人食管癌症组织VS癌旁组织
主要结果：
1.确定关键分子：核糖体蛋白RPS15在体外和体内均能促进ESCC细胞的转移和增殖。
2.确定目标分子功能：RPS15与IGF2BP1相互作用，以m6A依赖的方式识别并直接结合MKK6和MAPK14mRNA的3′UTR，促进核心p38MAPK通路蛋白的翻译（Ribo-seq）。
3.下游机制探究：叶酸通过靶向RPS15对ESCC具有治疗作用，并与顺氯氨铂联合增强了这种作用。
结论： 本研究确定了核糖体蛋白RPS15促进食管癌细胞的转移和增殖，RPS15通过p38MAPK途径促进ESCC的进展，RPS15抑制剂可能作为潜在的抗ESCC药物。RPS15的功能和机制研究不仅有助于了解ESCC的发病机制，而且为更好地了解蛋白质翻译在癌细胞转移中如何发挥关键作用提供了机会。
References：
[1] Jackson R, Kroehling L, Khitun A, et al. The translation of non-canonical open reading
frames controls mucosal immunity
[J]. 2018. Nature.
[2] Zhou J, Wan J, Gao XW, et al. Dynamic m6A mRNA methylation directs translational control of
heat shock response[J].
2015.Nature.
[3] Zhao Y, Li Y, Zhu R, et al. RPS15 interacted with IGF2BP1 to promote esophageal squamous cell carcinoma development via
recognizing m6A modification[I]. Signal Transduct Target Ther. 2023 Jun 2; 8(1):224.
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