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送样建议

甲基化测序

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与尊龙凯时技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1. WGBS(全基因组甲基化)

  • 1.1 植物样本

    a. 植物组织样本送样量不低于0.2g
    采集样品时建议采用易提取、核酸含量高的植株幼嫩叶片,离体后迅速进行生理盐水漂洗,用无尘纸擦干表面水分,冰上分割50-100mg每个小块,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。明确标识、安全密封、干冰运输
    b. 根、茎、叶、果实等组织较大时,建议切段或切碎送样
    c.?样品数目较多或送样量较多时,建议分袋、分管送样,便于取样
    d. 锡箔纸送样时,折叠要有可寻的纹理,避免提取样品时样品散落,样品信息标注于可视位置
    e. 如果客户同时做其它RNA组学,如果样本量相对充足,不建议采用共提取,建议将组织可以分管进行
  • 1.2 动物样本

    常规样本
    a. 动物组织样本送样量不低于0.1g
    b. 选用新鲜的样本,离体后迅速进行生理盐水漂洗,剔除结缔组织等非研究组织,用无尘纸擦干表面水分,冰上分割50-100mg每个小块,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。明确标识、安全密封、干冰运输
    c. 送样时将样品分为小块,有备份时分管送样
    d. 送样前,样品做好相应处理,如去皮、去毛等,软骨样品尽量切碎后送样
    e. 个体较小样品(蚊、螨等),一次提取的样品放在一个EP管中,避免分管寄送
    f. 禁止寄送带有人畜共患病的动物组织,包括但不限于病毒、细菌、寄生虫(如口蹄疫病毒、禽流感病毒、疟原虫、弓形虫等)
    g. 在动物组织样本中,若老师主要研究的是某一器官的甲基化水平,最好针对该器官进行取样,注意选取处理组和对照组样本
    h. 如果客户同时做其它RNA组学,如果样本量相对充足,不建议采用共提取,建议将组织可以分管进行
    【注】需用新鲜组织或取自新鲜组织的 DNA,石蜡包埋、甲醛固定、乙醇、乙酸处理过的样品建议不要做 WGBS
    血液样本
    a. 哺乳类动物血液不低于2ml
    b. 红细胞有核类动物血液不低1ml
    c. 保存到EDTA管中,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存
    d. cfDNA因其自身长度特点,经过亚硫酸盐的处理后,长度会进一步降低,某些指标相对常规 DNA 样本较弱。例如 Duplication 和比对率等,因此此样本只能进行风险建库
    【注】由于血液样本不具有组织特异性的特点,在针对某些特异疾病或癌症的研究时,相较于组织样本来说,可能筛选到的差异DMR较少,特异性差,研究针对性弱。若老师选择血液样本进行甲基化研究,患者及健康人样本均需要选取血液样本,不建议将其与组织样本进行对照研究
    细胞样本
    a.细胞样本不低于>1*106
    b.低温离心悬浮细胞(贴壁细胞需要客户先消化处理),用PBS缓冲液将细胞快速洗一次,然后离心沉淀,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。明确标识、安全密封、干冰运输
  • 1.3 核酸样本

    浓度 体积 总量
    >24ng/μl 20μl≤V≤120μl >400ng
    因部分客户核酸含有杂质、颜色等物质导致会产生大量损失,为保证您的样本一次检测合格并节约宝贵的重送样时间,送样建议量是高于公司判定标准的,请您在核酸量足够的前提下尽量按照送样建议来送样,感谢您的大力支持与配合。

2. RRBS(简化甲基化)

  • 2.1 动物样本

    常规样本
    a. 动物组织样本送样量不低于0.5g
    b. 选用新鲜的样本,离体后迅速进行生理盐水漂洗,剔除结缔组织等非研究组织,用无尘纸擦干表面水分,冰上分割50-100mg每个小块,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。明确标识、安全密封、干冰运输
    c. 送样时将样品分为小块,有备份时分管送样
    d. 送样前,样品做好相应处理,如去皮、去毛等,软骨样品尽量切碎后送样
    e. 禁止寄送带有人畜共患病的动物组织,包括但不限于病毒、细菌、寄生虫(如口蹄疫病毒、禽流感病毒、疟原虫、弓形虫等)
    f. 在动物组织样本中,若老师主要研究的是某一器官的甲基化水平,最好针对该器官进行取样,注意选取处理组和对照组样本
    g. 如果客户同时做其它RNA组学,如果样本量相对充足,不建议采用共提取,建议将组织可以分管进行
    【注】需用新鲜组织或取自新鲜组织的DNA,石蜡包埋、甲醛固定、乙醇、乙酸处理过的样品建议不要做RRBS
    血液样本
    细胞样本 a. 哺乳类动物血液不低于 2ml
    b. 保存到 EDTA 管中,液氮速冻,-80℃保存,不要使用 RNAlatter 、TRIzol 、酒精保存 【注】 由于血液样本不具有组织特异性的特点,在针对某些特异疾病或癌症的研究时,相较于组织样本来说,可能筛选到的差异 DMR 较少,特异性差,研究针对性弱。 若老师选择血液样本进行甲基化研究,患者及健康人样本均需要选取血液样本 时,不建议将其与组织样本进行对照研究
    a. 细胞样本不低于>5*108
    b. 低温离心悬浮细胞(贴壁细胞需要客户先消化处理),用PBS缓冲液将细胞快速洗一次,然后离心沉淀,液氮速冻,-80℃保存,不要使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。明确标识、安全密封、干冰运输
  • 2.2 核酸样本

    浓度 体积 总量
    >24ng/μl 20μl≤V≤120μl >2000ng
    因部分客户核酸含有杂质、颜色等物质导致会产生大量损失,为保证您的样本一次检测合格并节约宝贵的重送样时间,送样建议量是高于公司判定标准的,请您在核酸量足够的前提下尽量按照送样建议来送样,感谢您的大力支持与配合。

3 样本打包及寄送建议

  • 3.1 样本的打包

    (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
    (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
    (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
    (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
    (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
    (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
  • 3.2 样本的名称标识

    (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
    (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
    (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
    (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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