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送样建议

10X Visium FFPE 空间转录组测序

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与尊龙凯时技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1.样本类型

  • 样本类型 送样量/样 保存条件 运输条件
    FFPE 组织块 1块 密封后,4℃保存 冰袋运输
    FFPE 切片 2~4张切片(邻片),切片厚度4~6 μm 新切切片,使用官方推荐的粘附性载玻片贴片(具体型号见送样要求);干燥密封,4℃保存时间<14天 冰袋运输

2.送样地址

  • 收件人:尊龙凯时样品组
    电话:18526699037
    邮寄地址:天津市武清开发区创业总部基地B07

3.FFPE蜡块送样要求

  • 石蜡包埋块密封后4℃保存,冰袋寄送(蜡块没有年限要求,以质检结果DV200为准)。
    建议组织截面积尽量不要超过所选的芯片捕获框规格,即< 6.5mm*6.5mm 或< 11mm*11mm。

4.FFPE切片送样要求

  • 4.1 切片要求

    切片厚度4~5 μm;
    根据样本大小,每个样本首先需要切 5-10 张蜡卷(穿刺样本至少 10 张),单独放入离心管中,冰袋寄送至公司进行质检(DV200——长度大于 200bp 的核酸占比);同时将每个样本贴一张白片(建议使用粘附性载玻片贴片),寄送至公司进行HE染色,找出目的区域,方便后续贴正式文库片,避免贴片超出区域导致重复寄送。
    样本质检合格后,再使用官方推荐的4款粘附性载玻片进行贴片(见表格)
    Slide Company Catalog?No.
    Epredia??Shandon??ColorFrost??Plus?Slides Fisher?Scientific 67-762-14
    Fisherbrand??Premium?Superfrost??Microscope?Slides Fisher?Scientific 12-544-7
    Poly-L-lysine?coated?glass?slides Sigma-Aldrich P0425
    Superfrost??Plus?Micro?Slide VWR 48311-703

    Notice:根据采购到的粘附性载玻片型号,按照官方标注的位置进行贴片(下图绿色区域内);由于载玻片无法在仪器中进行旋转,为避免目的区域由于角度无法对齐偏离捕获框,建议贴片时尽量将目的区域与绿色区域边框呈水平状态。
    贴片干燥后,放入载玻片盒,再装入密封袋密封(如条件允许,可以在密封袋中加入干燥剂),冰袋运输。
    图7 载玻片贴片区域
  • 4.2 送样量

    寄送 2~4张贴片(样本为邻片)。
    Notice:为了避免RNA降解带来的影响,切片需要尽量在14d以内完成正式建库,建议老师切片后尽快寄送。
    注意事项
    (1)切片选择:
          包埋块修片前几张切片不用于试验,挑选远离包埋块表面的切片。
    (2)贴片要求:
          使用官方推荐的4款粘附性载玻片进行贴片,组织需位于载玻片中央绿色区域内,超出绿色矩形的组织区域将不能被建库测序;
          部分疑难样本(骨,脂肪,皮肤等)使用粘附性载玻片仍有较高的脱片风险,不代表能顺利执行,需要根据实际情况判定。
          切片、贴片时避免产生划痕和褶皱,谨防后续试验中样本信息获取不完整或脱片;
          贴好FFPE样本的载玻片42摄氏度烤片3h,将载玻片置于载玻片盒,装入密封袋保存(密封袋中可放干燥剂),尽快寄送。
          建议使用新切切片进行贴片。
  • 4.3 石蜡块组织包埋方法

    (1)样本预固定处理
    样本来源分类:
    A切除标本(手术活检),在手术时切除整个器官或受累部位——大样本剖开但不切断方式进行充分固定;
    B切口活检标本,从受累部位内取下组织——根据样本体积直接放入大小合适样本固定袋中;
    C钻孔活检,通过钻孔取出一小块可疑组织(通常来自皮肤)——根据样本体积直接放入大小合适样本固定袋中;
    D刮拭活检,从表面(通常是皮肤)上“刮取”较小的组织碎片——根据样本体积直接放入大小合适样本固定袋中;
    E刮宫,从子宫或宫颈的黏膜上刮取小片组织——根据样本体积直接放入大小合适样本固定袋中;
    F空芯针穿刺活检,有时使用一根特殊的针穿过皮肤(经皮)取出少量组织样本——根据样本体积直接放入大小合适样本固定袋中;
    B-F类的组织若过于细小,可以用两片浸湿的滤纸,将其夹在中间;
    本步骤中强调:
    ①仔细检查样本信息和随附文件一一对应,所有详细信息均有记录,并可以做到“标本追踪”。
    ②切除后的新鲜组织,为了防止变性或干燥,应尽快固定(样本离体30min内尽快放入10-15倍体积中性缓冲福尔马林固定液中)。标本好越早开始固定,结果越好,并在样本袋外标签处填写详细样本编号等识别信息。
    ③在处理标本之前,应将体积大的样本浸入福尔马林20小时进行固定。
    (2)样本目的部位取材
    涉及对标本进行仔细检查和描述,包括外观、标本块数量及其尺寸。
    A取出预处理的样本,较大的标本需要进一步切开,从目的部位切下2~ 4mm 厚的切片代表性组织块。
    B取出预处理的样本,对于较小的标本,可以处理整个标本,将其直接放在包埋盒(小孔篮)中。
    图8 石蜡预处理样本 (3)样本脱水浸蜡
    处理大批量标本时,一般使用“组织处理机”的自动化仪器。这些仪器可以在熔化石蜡加工的一系列不同的溶剂中浸润标本,标本一开始处于水环境中(水基),且必须通过溶剂(通常为乙醇和二甲苯)脱水和清除的多次变化后才能放入熔化的蜡(疏水且不混溶于水)中。
    对特定批次标本选择的“处理时间表”的持续时间和步骤详细信息取决于标本的性质和大小。对于较小的标本,时间表可短至几个小时,对于较大的标本,时间表可长达 12 小时或更长;

    (4)样本石蜡包埋
    将标本从包埋盒中取出并放入蜡填充的模具中。在这个阶段,应仔细定向标本,因为这将决定切割切片的平面,一般以模具底面为目的截面,也就是最终在显微镜下观察的组织截面。
    在组织已处理的包埋盒中带有标本识别详细信息,现在将包埋盒放在模具顶部,并添加更多蜡来将其黏附固定(如图A所示)。现在,标本“块”可在一个冷表面上固化,固定后即可移除模具。包埋盒现在充满了蜡并形成了“块”的一部分,此步骤也为了夹入切片机提供了稳定的底座,将其牢固夹在切片机的标本架中,从块表面切下切片(如图B所示)。
    图9 A为模具中的样本固定,B为夹在标本架中的样本 (5)注意事项
    ①组织离体时间:组织块离体后应尽快固定,缺血离体时间不宜超过1 h。
    ②组织固定液:推荐10% NBF 或 4% PFA,10% NBF穿透力强,4% PFA穿透力弱一些。
    ③固定时间:根据组织块大小决定,0.5 cm直径组织块一般固定18-24 h,时间不宜过长。
    ④存放条件:蜡块存放环境需保持干燥,可放入干燥器,室温保存。干燥器如下图所示:
    图10 干燥器

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