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转录调控测序

互作转录组测序

研究背景

测序得到的原始测序序列(Sequenced Reads)或者 raw reads,里面含有带接头的、低质量的reads,为了保证信息分析质量,必须对raw reads过滤,得到clean reads,后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率,测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。

差异基因聚类

基于宿主的差异分析结果 , 通过对比较组合中差异基因取并集的方式 , 获得本批次样本全部的差异基因。 分别将宿主以及寄主的差异基因通过 K-means 进行聚类 , 获得在样本中的表达模式相近的基因。

不同 cluster 中基因的功能注释

将不同 Cluster 中的基因进行功能注释(GO/KEGG/Interpro 或 Swissport)后 , 将各 Cluster 样品注释结果以热图形式展示。

模块层次聚类树

根据基因间表达量的相关性构建聚类树,并划分模块。其中 Merged dynamic 为根据模块相似度对表达模式相似的模块进行合并后的模块划分。之后的分析按照合并后的模块进行。对于上半部分的树图,纵向距离代表两个节点间(基因间)的距离,横向距离无意义。

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